หลวงปู่บุญ เกิดที่ ตำบลบ้านนางสาว อำเภอตลาดใหม่ เมืองนครชัยศรี มณฑลนครชัยศรี ต่อมาได้เปลี่ยนเป็นบ้านตำบลท่าไม้ อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม ส่วนในปัจจุบันได้เปลี่ยนเป็นตำบลท่าไม้ อำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร เมื่อวันจันทร์ ขึ้น 3 ค่ำ เดือน 8 ปีวอก จุลศักราช 1210 สัมฤทธิ์ศก เวลาใกล้รุ่ง ตรงกับวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2391 อันเป็นปีที่ 25 แห่งแผ่นดิน พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ( รัชกาลที่ 3 ) บิดาชื่อเส็ง มารดาชื่อลิ้ม หลวงปู่มีพี่น้องร่วมบิดามารดาเดียวกัน 6 คน ท่านเป็นบุตรชายหัวปี มีน้องชาย และน้องสาว 6 คน คือ นางเอม นางบาง นางจัน นายปาน และนางคง
วัยเยาว์
ท่านเคยเป็นไข้อาการหนักชนิดหนึ่ง ถึงกับสลบไม่ได้สติ บิดามารดาเข้าใจว่าตายไปแล้ว ตระเตรียมการจะเอาไปฝัง แต่ท่านกลับฟื้นขึ้นมาเหมือนมีปาฏิหาริย์ ด้วยเหตุนี้ท่านจึงได้ชื่อที่บิดามารดาตั้งให้ไว้ว่า “บุญ” เคราะห์ร้ายก็ยังไม่สิ้น เมื่อบิดามารดามีความจำเป็นต้องย้ายไปประกอบอาชีพทำนาที่ ต.บางช้าง อ.สามพราน จ.นครปฐม แล้วตอนอายุ 13 ปีบิดาก็สิ้นบุญ ป้าจึงนำไปฝากไว้กับ พระปลัดทอง วัดคงคาราม (ชื่อเดิมของวัดกลางบางแก้ว) อ.นครชัยศรี แล้วบรรพชาเป็นสามเณรเมื่ออายุได้ 15 ปี เรียนหนังสือหนังหา ศึกษาเล่าเรียนพระธรรมวินัย ในขณะเดียวกัน ก็ได้รับใช้ใกล้ชิดพระปลัดทอง วัดคงคาราม แต่แล้วก็ต้องลาสิกขาในขณะที่มีอายุใกล้จะอุปสมบท เนื่องจากโรคร้ายยังคุกคามไม่ยอมทุเลา
พระวินัยกิจโกศล ( ตรี ปธ.7 ) อดีตเจ้าอาวาสวัดกัลยาณมิตร ได้บันทึกไว้ในปี พ.ศ. 2471 ในหนังสือ บุญวิธี ว่า
เมื่อยังเยาว์เป็นไข้หนักถึงแก่สลบไม่หายใจ พวกผู้ใหญ่เข้าใจว่าตายเสียแล้ว ระหว่างที่จัดแจงจะเอาไปฝังกันได้กลับฟื้นขึ้นมา จึงได้รับการรักษาพยาบาลต่อมาจนหายเป็นปกติ บิดามารดาได้ถือเอาเรื่องหายจากไข้ ครั้งนั้นเป็นนิมิตดี จึงให้ชื่อว่า บุญ
อุปสมบท
เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ.2412 อายุ 22 ปี หลังจากหายจากโรคร้ายดังกล่าวแล้ว จึงมีโอกาสเข้าอุปสมบทเป็นพระภิกษุ ณ พัทธสีมา วัดกลางบางแก้ว โดยมีพระปลัดปาน วัดพิไทยทาราม ป็นพระอุปัชฌาย์ ได้รับฉายาว่า “ขันธโชติ” เกี่ยวกับหน้าที่การงานและสมณศักดิ์ เมื่อ พ.ศ.2429 เป็นเจ้าอาวาสวัดกลางบางแก้ว พ.ศ.2431 เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พ.ศ.2443 พรรษา 30 เป็นเจ้าคณะหมวด พ.ศ.2459 พรรษา 46 เป็นพระอุปัชฌาย์ และได้รับราชทินนามว่า “พระอุตรการบดี” พร้อมกับเป็นเจ้าคณะแขวงในปีนั้นด้วย ต่อมาปี พ.ศ.2482 พรรษา 49 ได้รับราชทินนามว่า “พระครูพุทธวิถีนายก” เป็นประธานกรรมการคณะสงฆ์จังหวัดนครปฐมและจังหวัดสุพรรณบุรี พ.ศ.2473 พรรษา 60 ได้รับราชทินนามว่า “พระพุทธวิถีนายก” เป็นประธานคณะสงฆ์มณฑลนครชัยศรี
บั้นปลายชีวิต
ท่านถึงแก่กาลมรณภาพ เมื่อวันที่ 8 เมษายน พ.ศ.2478 ในระหว่างที่มีชีวิตอยู่นั้น หลวงปู่บุญ ได้รับเกียรติยกย่องว่าเป็นพระนักพัฒนา โดยบูรณปฏิสังขรณ์วัดกลางบางแก้วจนรุ่งเรืองขึ้นอย่างผิดหูผิดตากลายเป็นวัดใหญ่วัดหนึ่งในมณฑลนครชัยศรี นอกจากนั้นท่านยังสร้างหอไตร มณฑป ศาลาการเปรียญ ศาลาลอย หอสวดมนต์ วิหาร โรงเรียนพระปริยัติธรรมบุญรังสฤษดิ์ ศาสนสถานที่ท่านบูรณะดังกล่าว ได้แก่อุโบสถเจดีย์
หลวงปู่บุญ ขันธโชติ ยังส่งเสริมการศึกษาแก่กุลบุตรและธิดา โดยตั้งโรงเรียนประชาบาลบุญวิถีนายกขึ้นในขณะเดียวกันก็ยังยื่นมือเข้าไปช่วยเหลือวัดที่ขัดข้องในเรื่องต่างๆ อีกหลายวัด
